Si lo que deseas es programar tu sistema GNU/Linux para que se apague automaticamente solamente tienes que escribir en la terminal [Ctrl+Alt+F2] lo siguiente:

sudo shutdown -h +30

¿Como funciona este comando?

sudo [este comando te da privilegios de superusuario, es decir root] shutdown [apagado] -h [halt] +30 [tiempo en minutos despues del cual se apagara el equipo].

Como veras el +30 puede ser cambiado por el número de minutos tras los cuales quieres que se apague tu equipo.

Y para los que aun le tienen miedo a la terminal de comandos pueden descargarse esta pequeña aplicacion Gshutdown que esta disponible en paquete deb desde la web del autor o en los repositorios. Gshutdown es mas configurable, puedes hacer que te apague o reinice el equipo despues de cierto tiempo o a una hora determinada.

Aun asi yo prefiero la sencilles y simpleza del comando de arriba.

Actualizacion: Para los usuarios de KDE existe Kshutdown que es más personalizable y la pueden instalar desde los repositorios.